中國農科院構建小麥基因定位與基因組研究平臺

工人日報客戶端12月21日電 近日，中國農科院作物科學研究所小麥基因資源發掘與利用創新團隊牽頭構建了小麥基因定位與基因組研究平臺——WheatGmap（https：//www。wheatgmap。org），為高效克隆小麥功能基因提供了一個有效的資料利用、分析和共享平臺。相關研究成果線上發表於《分子植物（Molecular Plant）》。

據介紹，叢集分離分析作為一種在分離群體中鑑定目標基因的方法，由於具有高效、低成本的優點被廣泛應用。然而，對於缺乏生物資訊學背景的研究者來說，深度分析高通量測序獲得的資料、正確選擇最優演算法、有效利用已公佈的海量資料成為當前應用叢集分離分析方法進行小麥基因快速定位和候選基因篩選的限速步驟。因此，研發一個介面友好、易操作的專業性資料處理平臺將對推動小麥研究有重要應用意義。

該平臺目前整合並分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測序資料，包括全基因組測序（WGS）、外顯子組測序（WES）和轉錄組測序（RNA-seq）資料。為了方便使用者利用這些資源，網站整合了SNP-index、Euclidean distance （ED）、QTLseqr和varBScore四種叢集分離分析模型。此外，網站集成了序列比對、基因註釋、表達分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具。（工人日報記者 黃哲雯）