「小工具教程」準備多肽結構

用途

從氨基酸序列生成三維結構，或上傳多肽分子檔案，進行能量最佳化，獲得良好的三維結構。

注意：本功能不涉及二級結構預測，但可用該三維結構做進一步模擬計算（如，分子動力學模擬），獲得二級結構。

入口

平臺地址：

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功能入口：左側選單欄【計算方案】->【小工具】->【分子結構】->【準備多肽結構】

步驟

1。 輸入多肽結構，有兩種方式：

輸入多肽序列

點選 氨基酸畫板中的按鈕，或者直接 從檔案讀取（fasta格式檔案），即在下方自動填入氨基酸序列。

上傳多肽檔案

可上傳fasta格式的序列檔案，讓小工具從頭生成三維結構；也可以上傳包含原子座標的pdb等格式的分子檔案，進行能量最佳化。

2。 當選擇輸入序列時，需要設定氮（N）端和碳（C）端的封端方式。

N端： NH3+指以質子化氨基（-NH ）封端， ACE指以乙醯基（-C（=O）-CH ）封端。

C端： COO-指以去質子化羧基（-COO ）封端， NHE指以中性氨基（-NH ）封端， NME以中性甲胺（-NH-CH ）封端。

3。 填寫 輸出檔名，選擇 檔案格式，點選【提交】；

4。 觀察多肽三維結構，下載多肽結構檔案。

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