五大化學晶體學資料庫介紹

為了深入地對晶體學進行研究和探索，幾個著名的晶體學資料中心相繼被建立。這些資料中心的主要作用之一是收集、儲存和提供已知化合物的晶體結構資料。因此，越來越多的科學雜誌在發表論文前，把論文有關的晶體學引數、化合物分子式、晶胞引數、空間群、原子座標及其原子位移引數、精修結果引數等，以電子版的形式存放到這些著名的國際晶體學資料中心。So，本期的乾貨就是：對晶體學資料庫來個大盤點吧！

五大晶體學資料庫

1. 劍橋結構資料庫（The Cambridge structural Database,CSD ）（英國）

劍橋晶體資料中心（CCDC， Cambridge Crystallographic Data Centre）源於劍橋大學OlgaKennard博士領導的晶體學組織的活動。自1965年起就從事晶體資料的收集、整理與計算機化工作，該中心發展的劍橋結構資料庫系統CSDS （The Cambridge Structural Database System，簡寫為CSDS）是基於X光和中子衍射實驗唯一的小分子及金屬有機分子晶體的結構資料庫。

CCDC提供的劍橋晶體結構資料系統（Cambridge StructuralDatabaseSystem， CSDS）是該中心同美國Brookhaven國家實驗室合作的成果，基本上包括已發表的所有原子個數（包括氫原子）在500以內的有機及金屬有機化合物晶體資料，並對收集的資料進行嚴格評審。CCDC目前提供的CSDS 包括劍橋結構資料庫（Cambridge StructuralDatabase， CSD）是基於X射線和中子衍射試驗唯一的有機小分子及有機金屬分子晶體結構資料庫。它只收集並提供具有C-H鍵的所有晶體結構，包括有機化合物、金屬有機化合物、配位化合物的晶體結構資料。

2. 無機晶體結構資料庫（The Inorganic Crystal Structure Database, ICSD）（德國）

ISCD收集並提供到目前為止所有試驗測定的、除了金屬和合金以外、不含C–H鍵的無機物晶體結構的資訊，包括化學名和化學式、礦物名和相名稱、晶胞引數、空間群、原子座標、熱引數、位置佔位度、R因子及有關文獻等各種資訊。

該資料庫從1913年開始出版，至今已包含近10萬條化合物目錄。每年更新兩次，每次更新會增加2000種新化合物，所有的資料都是由專家記錄並且經過幾次的修正，是國際最權威的無機晶體結構資料庫。它和劍橋結構資料庫（CSD）是國際上重要的兩大晶體學資料庫。

ICSD也推出了自己的檢索工具，名為FindIt，是商業化的軟體，如果你願意的話可以購買這個軟體

3. 蛋白質資料庫（The Protein Data Bank, PDB）（美國）

PDB是目前最主要的收集生物大分子（蛋白質、核酸和糖）2。5維（以二維的形式表示三維的資料）結構的資料庫，是透過X射線單晶衍射、核磁共振、電子衍射等實驗手段確定的蛋白質、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三維結構資料庫。

4. JCPDS－國際衍射資料中心的粉晶資料庫（JCPDS-International Center for Diffraction Data, JCPDS-ICDD）（美國）

1969年組建了“粉末衍射標準聯合委員會” （The Joint Committee onPowder Diffraction Standards，JCPDS），專門負責收集、校訂各種物質的衍射資料，並將這些資料統一分類和編號，編製成卡片出版，即被稱為PDF卡（The Powder Diffraction 即被稱為PDF PDF卡 File），有時也稱其為JCPDS卡片。

國際衍射資料中心（The International Centrefor Diffraction Data）（ICDD）是一個非盈利的科學組織，致力於收集、編輯、出版和發行用於晶態材料鑑定的粉末衍射資料。粉末衍射檔案中包含了760019多個唯一的材料資料條目。在該庫中，每一種單相物質都有一套資料，包括晶體名稱、化學成分、參考文獻、收集衍射資料時的實驗條件、各條粉晶衍射的d-I/I1 值等。這些資料除了在卡片上可提供檢索外，還記錄在磁帶和磁碟上，便於用電子計算機進行自動檢索。

5.開放晶體結構資料庫（CrystallographyOpen Database, COD）

COD儲存晶體學資料、原子座標引數以及詳細的化學內容和參考文獻的、以計算機控制管理的資料庫。它對所收集的大量分子結構資料進行了全面的、廣泛的整理、核對和質量評價，因此它所提供的資料要比原始文獻更為準確。這些資訊由可靠的、恰當的軟體管理，可以方便地檢索、篩選和進行系統的分析，還可對資料進行加工並繪成各種規格的圖形。